3. série
03x01 Základy, část II.
Voyager se chytil do důmyslné léčky, zosnované Seskou a Culluhem. Posádka byla vysazena na pusté planetě a loď nyní ovládají Kazoni. Netuší však, že mají na palubě záškodníka - někdejšího zabijáckého psychopata Sudera.
03x02 Vzpomínka
Tuvok je sužován podivnými představami, které Doktor diagnostikuje jako potlačené vzpomínky. Janewayová podstoupí s Tuvokem splynutí myslí, aby svému příteli pomohla. Klíč leží v osmdesát let vzdálené minulosti, kdy Tuvok sloužil na lodi Excelsior a jeho kapitánem byl Hikaru Sulu.
03x03 Skluzavka
Kim a Paris jsou při návštěvě u Akritiriánů obviněni z teroristického útoku, při němž zahynulo 47 lidí. Jsou uvrženi do izolované věznice, kde panují otřesné podmínky a mezi vězni zuří neustávající boj o přežití. Kapitán bude muset dokázat jejich nevinu, aby je dostala zpět - za předpokladu, že tak dlouho přežijí.
03x04 Roj
Voyager musí proletět územím nepřátelských insektoidů, kteří napadnou každého, kdo se k nim přiblíží. Paris je vážně zraněn a potřebuje operaci; holodoktorovy paměťové obvody však selhávají v důsledku dlouhodobého nepřetržitého provozu. Nezbývá než celý program reinicializovat - což znamená smrt doktorovy osobnosti.
03x13 Výhodný obchod
Voyager dorazí na hranice Nekritské oblasti - rozsáhlé hvězdokupy, se kterou Neelix není obeznámen. Aby prokázal svou užitečnost, chce přátelům obstarat mapu Nekritské oblasti od místních kšeftařů. Velmi rychle se však zaplete do nebezpečné obchodní transakce, která by mohla být nad jeho síly.
03x14 Alter Ego
Voyager studuje nezvykle se chovající inverzní mlhovinu. Harry Kim se v simulátoru zamiluje do holografické dívky Marayny a proto požádá Tuvoka, aby ho naučil některý z vulkanských způsobů ovládání emocí. Tuvok Harrymu románek s Maraynou rozmluví; pak se s ní ale začne scházet sám. Na té holografické ženě je totiž cosi vskutku fascinujícího...
03x15 Vůle
Janewayová a Chakotay ztroskotají s raketoplánem na pusté planetě a jsou přepadeni Vidiiany. Jsou zabiti - a probudí se opět v raketoplánu, těsně před útokem vidiianských lodí. Zdá se, že uvízli v jakési časové smyčce, která ať tak či onak vždycky skončí smrtí kapitána Janewayové.
03x16 Horečka
Voyager je náhle vytržen z obvyklé rutiny: vulkanský poručík Vorik nečekaně vstoupí do pon farr - období páření, které u Vulkanců přichází jednou za sedm let. Vulkanec se během tohoto období musí buď spářit, nebo zemřít. Problém je v tom, že na Voyageru není jediná vulkanská žena a k Vulkanu je to nějakých sedmdesát tisíc světelných let. Vorik si však družku již vybral: poručíka Torresovou.
03x17 Jednota
Nouzový signál Federace, vycházející z nezmapované planety, přivede Chakotaye do nezvyklé společnosti. Na planetě žijí příslušníci různých ras z celé galaxie a vede je lidská žena jménem Riley. Byli prý uneseni mimozemšťany a pak ponecháni svému osudu na této opuštěné planetě.
Rileyina historka je ovšem pravdivá jen částečně. Nebyli uneseni, ale asimilováni... jsou to trosečníci z lodě Borgů.
03x18 Temná stránka
Kes se seznámí s okouzlujícím mladíkem Zahirem, který je pilotem skupiny Mikhalských poutníků. Holodoktor začne podléhat náhlým emocionálním výlevům a vypadá to, že na Zahira zřejmě žárlí. Kam až zajde doktorova náhlá a neobvyklá excentričnost?
03x19 Cesta vzhůru
Tuvok a Neelix uvíznou na planetě, která je ohrožena neobvyklým rojem asteroidů. Existuje jediná možnost, jak se spojit s Voyagerem - pomocí starého orbitálního výtahu se dostat nad úroveň atmosférických turbulencí. Cesta vzhůru však nebude snadná: kdosi nemá zájem na tom, aby pasažéři dorazili do cíle živí.
03x20 Hýčkaný syn
Harry Kim postupně zjišťuje, že nepochází ze Země. Ve skutečnosti je příslušníkem mimozemské civilizace Taresianů z Delta kvadrantu. Jako embryo byl implantován pozemské ženě a teď, když se blíží k domovu, začínají se u něj objevovat typické rasové charakteristiky.
03x21 Předtím a potom
Budoucnost: Kes umírá. Doktor ji umístí do nově vynalezené biotemporální komory, aby jí prodloužil život; v důsledku toho se však Kes dostane mimo běžný tok času a začne prožívat různé okamžiky ze své minulosti. Vnoučata, děti, lásky a zklamání, nesnáze dospívání... celých dlouhých devět let ocampského života.
03x22 Opravdový život
Holodoktorově holografické osobnosti cosi schází: touží po rodinném zázemí, po manželce, dětech a domově. Vytvoří si je tedy v simulátoru. Torresové se však doktorova přespříliš dokonalá simulovaná rodina vůbec nezamlouvá a proto provede několik drobných změn v programu - v zájmu realističnosti.
03x23 Vzdálený původ
Mezi Vothy se po tisíce let předávala legenda o vzdáleném původu - o světě na opačné straně Galaxie, který museli předkové Vothů opustit kvůli přírodní katastrofě. Teď už ve vzdálený původ věří málokdo a celá hypotéza je považována za kacířskou. Profesor Gegen a jeho asistent Veer však nalezli ostatky podivného tvora, který zřejmě pocházel ze stejné planety jako Vothové - ale narozdíl od nich byl teplokrevný. Uniforma, kterou měl mrtvý na sobě, nese identifikaci USS Voyager...
03x24 Vyhnanci
Na palubě Voyageru se zčistajasna objeví zmatený Nyrian jménem Dammar - a zároveň zmizí Kes. Postupně se takto objeví na palubě dvacet dva Nyrianů a zmizí dvacet dva členů posádky - a kapitán Janewayová pochopí, že něco nebo někdo v devítiminutových intervalech unáší Nyriany z jejich světa a nahrazuje jimi posádku Voyageru.
03x25 Krizový scénář
Torresová objeví v paměti simulátoru nedokončený program od neznámého autora: podle scénáře se Makisté na Voyageru vzbouří a pokusí se převzít vládu nad lodí. Zajímavá simulace se brzy stane velice populární a vypukne horečné pátrání po tajemném tvůrci. Nakonec se k autorství přihlásí Tuvok; netuší však, že měl ještě jednoho spoluautora - zrádkyni Sesku.
03x26 Škorpion, část I.
Voyager vstoupí na území Borgů. Ti však mají jiné starosti, než aby se zajímali o jednu nicotnou loď Hvězdné flotily. Zdá se, že v Galaxii se objevila hrozba, na kterou ani mocní Borgové nestačí.
