2. série
02x01 Návrat domů, 02 Kruh, 03 Útok
Na Bajoru sílí separatistické hnutí a zdá se, že Siskovi lidé se budou brzy muset stěhovat. Major Kira obdrží podivné poselství a vydává se na Cardassii IV, aby z rukou Cardassianů osvobodila bajorského hrdinu Li Nalase, vězněného v zajateckém táboře Hutet. Jedině muž jako on by mohl sjednotit Bajorany a vést je k lepší budoucnosti...
02x04 Invazní procedury
Blíží se plasmová bouře. Stanice je evakuována - zůstane pouze skupina hlavních důstojníků, aby během bouře na vše dohlédla. Brzy poté na stanici přistane malá loď, jejíž cestující nemají právě ty nejpočestnější úmysly. Zajímá je především Jadzia Dax a její symbiont.
02x10 Útočiště
Na DS9 přilétá pětice uprchlíků z Gama kvadrantu, Skreeů, kteří pátrají po zaslíbeném světě ze svých legend. Za první pěticí letí flotila s dalšími třemi miliony uprchlíků. Vůdkyně uprchlíků brzy oznámí Siskovi, že Skreeové svůj zaslíbený svět už našli; je jím Bajor. Bajoranům se ovšem vůbec nezamlouvá představa, že jim ze dne na den přibudou tři miliony poněkud problematických spoluobčanů.
02x11 Soupeři
Quarkův dosud bezkonkurenční bar má náhle silnou konkurenci. Postaral se o to El-Aurian jménem Martus Mazur, který si na Promenádě otevřel nový podnik - a navíc přibral Quarkova bratra Roma jako společníka. A jak se zdá, Mazur má štěstí ve všem, do čeho se pustí.
02x12 Odvrácená tvář
Bajorský doktor Mora Pol, v jehož laboratoři byl kdysi zkoumán měňavec Odo, objevil možné stopy původu měňavců. Žádá proto Oda, aby se jako odborník na slovo vzatý zúčastnil jeho výpravy do Gama kvadrantu, na odlehlou planetu LS VI. Odo nakonec souhlasí. Krátce po jejich návratu na DS9 začne stanici terorizovat podivný netvor.
02x13 Armageddon
Bashir a O'Brien pomáhají Kellerunům a T'Laniům neutralizovat zásoby harvesteru - nanobiotické zbraně, kterou se obě rasy navzájem téměř vyhladily. Obětaví důstojníci však netuší, že až bude proces likvidace harvesteru ukončen, budou zlikvidováni i oni dva - a s nimi i všichni ostatní vědci, kteří mají nějaké informace o výrobě harvesteru. Jistota je jistota.
02x14 Šepot
O'Brien se vrací z úkolu v soustavě Parada a je nemile překvapen, jak se k němu jeho kolegové po návratu chovají. Mluví o něm za jeho zády, jednají s ním obezřetně, blokují mu přístup k záznamům počítače - a dokonce i jeho žena Keiko se chová, jako kdyby měla z manžela strach. Skoro to vypadá, jako kdyby celou stanici během O'Brienovy nepřítomnosti někdo vyměnil za nezdařilou kopii.
02x15 Ráj
Sisko a O'Brien pátrají v okolních soustavách po planetách vhodných ke kolonizaci. Na planetě Orellius však naleznou nečekané: malou kolonii lidí, kteří odvrhli veškerou techniku a rozhodli se žít - či spíše živořit - v souladu s přírodou. Celé kolonii vládne železnou rukou vůdkyně Alixus, posedlá představou, že tu vybuduje ideál netechnologické společnosti. Za jakoukoliv cenu.
02x16 Hra stínů
Při průzkumu Gama kvadrantu zachytí Odo a Jadzia podivné emise částic na povrchu nezmapované planety. Přenesou se dolů, kde naleznou malou osadu mírumilovných Yaderanů. Obyvatele osady sužují starosti: čas od času někdo z osady beze stopy zmizí a už se nikdy nevrátí. Odo a Jadzia začnou pátrat po příčinách.
02x17 Hra na boha
Jadzia má jako instruktor na starosti trillského mladíka Arjina, budoucího kandidáta na implantaci symbionta. Při výletu do Gama kvadrantu je jejich loď kontaminována malým množstvím neznámé protoplazmy. Když se látka dostane zpět na stanici, začne nekontrolovatelně růst.
02x18 Zisk a ztráta
Stanice zachytí těžce poškozenou loď. Na její palubě je cardassianská profesorka Natima Lang a její dva studenti, Hogue a Rekelen. Natima tvrdí, že její loď poškodily meteority; O'Brien ovšem odhalí, že ve skutečnosti poškození pochází od cardassianských zbraní. To však není jediné překvapení, které se profesorky týká: zdá se, že v minulosti měla velmi vřelý milostný vztah... s Quarkem.
02x19 Krvavá přísaha
Když se na stanici objeví Klingon Kor, dávný přítel Curzona Daxe, Jadzia správně tuší, že jeho kumpáni Kang a Koloth nebudou daleko. Trojice Klingonů kdysi složila krvavou přísahu, že dostihnou a zahubí podlého klingonského zločince, známého jako Albín. Nyní jej konečně vystopovali a chystají proti němu výpravu. Jadzia však rezolutně trvá na tom, že půjde s nimi; pomstu Albínovi totiž tenkrát přísahal také Curzon Dax.
02x20 Makisté, část I.
Cardassianská nákladní loď Bak'Nor je při odletu ze stanice zničena sabotérem. Proslýchá se, že Bak'Nor údajně dopravoval zbraně do Demilitarizované zóny, oblasti na pomezí Federace a Cardassie. Gul Dukat tajně požádá Siska o spolupráci a oba se společně vypraví přezkoumat situaci přímo na místo. Překvapený Sisko zjištuje, že Demilitarizovaná zóna není ani zdaleka tak demilitarizovaná, jak by se z jejího označení mohlo zdát.
02x21 Makisté, část II.
Problém v Demilitarizované zóně nabývá obludných rozměrů. Operuje zde separatistická skupina Maquis, která žádá, aby se Federace i Cardassie z oblasti stáhly a přestaly zasahovat do života osídlenců. Pokud se nepodaří útoky teroristů proti civilním cílům zastavit, hrozí nová válka mezi Federací a Cardassií. I v řadách Hvězdné flotily se však ukrývají zrádci...
02x22 Drát
Bashir a Garak právě sedí u společného oběda, když Garaka ochromí prudký záchvat bolesti. Bashir chce přítele vyšetřit, ten to však odmítá. Nakonec Garaka na ošetřovnu přecejen dostane a s hrůzou zjistí, že Cardassian má v mozku jakýsi implantát, který se zřejmě porouchal a nyní ho pomalu zabíjí.
02x23 Odvrácená strana
Anomálie při průletu červí dírou vrhne runabout s Kirou a Bashirem do podivného paralelního vesmíru. Brzy vyjde najevo, že je to tentýž zrcadlový vesmír, který před sto lety objevil kapitán Kirk. Něco se však za tu dobu změnilo: Terranské impérium padlo a lidé jsou teď považováni za nejhorší spodinu Galaxie.
02x24 Kolaborant
Blíží se volba nového kai - duchovního vůdce Bajoru. Žhavým favoritem volby je vedek Bareil Antos, populární duchovní a tajný milenec majora Kiry. Objeví se však informace, která donutí Bareila stáhnout kandidaturu: během cardassianské okupace prý vyzradil Cardassianům umístění tábora povstalců a tím zavinil smrt třiačtyřiceti lidí.
02x25 Tribunál
O'Brien je během cesty na dovolenou zatčen Cardassiany a uvězněn. Trvá mnoho hodin, než vůbec vyjde najevo obvinění: Je obviněn, že dodával zbraně makistům. Byl již shledán vinným; nyní bude postaven před soud a odsouzen - a za zločin takové povahy existuje jen jediný možný trest.
02x26 Jem'Hadarové
Sisko se s Jakem chystá na výlet do Gama kvadrantu. Jake s sebou vezme Noga, což dá Quarkovi záminku, aby se přidal také. Během táboření na pusté planetě se střetnou s Jem'Hadary, vojáky tajemného Dominionu - mocnosti, která stojí v zákulisí všeho dění v Gama kvadrantu. Zdá se, že trpělivost s návštěvníky zpoza červí díry právě přetekla.
