3. série
03x01 Xindové
Po šestitýdenním pobytu v Delfské oblasti Enterprise konečně nachází stopu tajemných Xindů - jeden z nich prý pracuje jako dělník na nedaleké důlní kolonii, kde se těží vzácné trellium-D. Předák důlní kolonie však není dvakrát ochotný spolupracovat; vůbec nestojí o to, aby mu nějací cizinci zdržovali dělníky od práce. Ale na druhou stranu, když už tady jednou jsou, proč je nevyužít.
03x05 Vražedný impuls
Enterprise zachytí automatické nouzové volání z vulkánské lodi Seleya, která před devíti měsíci zmizela v Delfské oblasti. Teď se ztracená loď vznáší bez energie uprostřed pole asteroidů. Senzory vykazují známky života, ale po vstupu na palubu není po nikom ani stopy - alespoň zpočátku. První kontakt s posádkou nenechá nikoho na pochybách, že pobyt v Oblasti vulkánskému zdraví rozhodně neprospívá.
03x06 V exilu
S Hoshi naváže telepatický kontakt cizinec jménem Tarquin. Nabízí jí pomoc s pátráním po Xindech - výměnou za to, že s ním stráví pár dní v jeho sídle. Hoshi po poradě s Archerem souhlasí. Osamělý Tarquin, který žije životem vyvržence, disponuje opravdu pozoruhodnými mimosmyslivými schopnostmi; za své služby však žádá něco, co mu Hoshi nedokáže poskytnout.
03x07 Zásilka
Tarquinovy informace zavedou Enterprise k planetě, kde se nachází největší xindské zařízení na zpracování kemocitu - klíčového zbraňového materiálu. Archer se chystá továrnu srovnat se zemí, pak se mu ale naskytne jiná alternativa. Vedoucí provozu, jistý Gralik Durr, se totiž ukáže jako docela rozumný člověk...
03x08 Soumrak
Po nehodě s jednou z prostorových anomálií ztratí Archer schopnost vytvářet si dlouhodobé vzpomínky. Vše je pro něj denně nové; posledních deset let jako by ani neexistovalo. Nepamatuje si už, že Enterprise selhala; neví, že Země byla zničena a posledních pár tisíc lidí našlo útočiště v soustavě Ceti Alfa. A i kdyby si něco z toho pamatoval, co by se tím změnilo?
03x09 Severka
Enterprise náhodou narazí na planetu s primitivním osídlením, které ze všeho nejvíc připomíná období osídlování amerického Západu. Dřevěné domky, koně, muži v kloboucích a s kolty u pasu. Podobnost je příliš velká, než aby mohlo jít o pouhou náhodu, a bližší zkoumání potvrzují podezření: jsou to skuteční lidé, neznámo jak přesídlení ze Země devatenáctého století.
03x10 Symbiont
Při nehodě s motorem utrpí Trip vážné zranění hlavy a poškození mozku. Sice zachránil Enterprise od okamžitého zničení, ale nyní leží v komatu na ošetřovně, zatímco loď vězí uprostřed nebezpečného polarického pole. Jediný, kdo dokáže dostat Enterprise ven, je Trip - a jediný, kdo dokáže Tripa postavit na nohy, je Phlox. Doktor navrhne řešení: vytvoří klon Tripa, aby získal materiál k transplantaci.
03x11 Laboratoř v Carpenter Street
Daniels opět potřebuje Archerovu pomoc. Tři plazí Xindi pronikli do minulosti Země, do roku 2004, a usadili se v Detroitu na Carpenter Street. Tam si najali jistého Loomise, morálně pochybného zaměstnance místní krevní banky, aby pro ně obstaral vzorky všech existujících krevních skupin. Ať už plazí Xindi mají v plánu cokoliv, nic dobrého to rozhodně nebude. A tak se Archer a T'Pol s Danielsovou pomocí vydávají do minulosti...
03x12 Říše vyvolených
Enterprise pomůže triannonskému plavidlu, poškozenému při střetu s anomálií nedaleko jedné ze Sfér. Triannonci jsou hluboce věřící lidé, kteří uctívají Sféry a jejich stavitele. Věří, že Delfská oblast je vyvolená říše, v níž Tvůrci budují ráj pro sebe a své věrné. Hosté se zprvu zdají neškodní - pak se však ukáže, že jejich víra je v zásadním konfilktu s chlováním posádky Enterprise.
03x13 Zkušební oblast
Díky Gralikově sabotáži je Enterprise konečně na stopě superzbraně. Teď stojí před zásadním problémem: jak se dostat co nejblíže k přísně střežené zkušební oblasti a proniknout až k samotnému prototypu zbraně. Naštěstí přijde pomoc ze zcela neočekávaného směru: od komandéra Shrana z Andorianské říšské gardy.
03x14 Válečná lest
Enterprise se podaří zajmout Degru, konstruktéra Xindské superzbraně. Zajmout někoho je snadné - ale přinutit ho mluvit je mnohem těžší. Phlox však objeví drobnou chybičku v xindské neurofyziologii, která umožňuje vymazat poslední vzpomínky. To Archera přivede na nápad: podvrhne Degrovi falešnou realitu, ve které jsou přáteli.
03x15 Předzvěst
Enterprise míří k hvězdě, kde by se měla stavět poslední verze xindské superzbraně. Cestou však náhodou objeví nezvykle hustý shluk anomálií - a uvnitř shluku je uvězněna malá loď s jedním humanoidem na palubě. Archer se rozhodne loď z anomálie vyprostit a pilota zachránit. Netuší však, že se za svou dobrotu žádného vděku nedočká.
)
03x16 Na radu lékaře
Enterprise stojí na cestě k Azati Prime ještě jedna poslední překážka: rozsáhlá subprostorová porucha, ve které by posádka nepřežila ani několik hodin. Existuje jediné řešení: hibernace. Doktor Phlox, na nějž anomálie nemá vliv, absolvuje rychlokurs ovládání lodi a musí se smířit s tím, že příštích pár dní stráví úplně sám. Vlastně ne úplně: společnost mu bude dělat Porthos a T'Pol.
03x19 Nezvratné škody
Degrův zásah přišel v poslední chvíli: Enterprise nebyla zničena, ale je poškozená téměř nenapravitelně. Poblíž naštěstí právě proplouvá illyrianská loď, poškozená střetem s anomálií - obě posádky si tak mohou pomoci navzájem. Ochota Illyrianů má však své meze; Enterprise nutně potřebuje součástku, kterou Illyriané nemohou postrádat. Podaří se Archerovi přesvědčit jejich kapitána ke spolupráci?
03x20 Zapomenuté
Střetnutí s Xindy u Azati Prime si vyžádalo osmnáct obětí. Loď je v dezolátním stavu, ale opravy jsou v plném proudu. Osmnáct párů rukou však citelně chybí. Zejména Trip bolestně pociťuje všechny ztráty, které utrpěl jeho tým - o to bolestněji, že musí napsat dopis rodičům jedné ze svých podřízených a za boha neví, co by jim měl vlastně říct.
03x21 E na druhou
Enterprise spěchá na setkání s Degrou, když tu s ní naváže spojení neočekávaný návštěvník - jiná Enterprise, osídlená potomky původní posádky. Přicházejí varovat své předky, aby se nepouštěli na cestu mlhovinou, která se rozkládá před nimi. Archer ale odmítá varování poslechnout, což se kapitána Loriana z druhé Enterprise hrubě dotkne: on a jeho lidé zasvětili úspěchu této mise celé své životy!
03x22 Rada
Archer konečně stane před Radou Xindů a dostane šanci promluvit. Stejně dobře by však mohl mluvit do zdi. Uvěřit slovům, která vyvracejí a překrucují samotné základy moderní xindské civilizace, je pro některé členy rady takřka nemožné. Zvlášť když jsou to slova Jonathana Archera, člověka, vyslance vrahů a ničitelů z planety Země.
03x23 Odpočet
Hoshi byla unesena plazími Xindy, kteří doufají, že jim její lingvistické schopnosti pomohou dešifrovat odpalovací kódy superzbraně. Hoshi však odmítá spolupracovat...
Archer, Trip a T'Pol zatím konečně objevili něco, čím by mohli získat na svou stranu i dosud váhající vodní Xindy: přišli na možný způsob, jak vyřadit z provozu Sféry.
03x24 Hodina H
Superzbraň je v rukou plazích Xindů a míří k Zemi. Archer ji pronásleduje na palubě Degrovy lodi a doufá, že ji dostihne včas. T'Pol má zatím na palubě Enterprise plné ruce práce s tím, aby splnila slib, který Archer dal vodním Xindům. Zničit nebo aspoň vyřadit z provozu sedmdesát osm Sfér, to se snáze řekne než udělá.